Se fundó en 1708 a 54 km de la Misión de Loreto
Esta misión fue establecida por los padres misioneros Juan María de Salvatierra, Juan de Ugarte y Julián Mayorga, este último fue responsable de la construcción y quedó al frente de la misión hasta su muerte el 10 de noviembre de 1736.
El lugar en donde se estableció tiene una ubicación privilegiada ya que esta a orilla de un pequeño arroyo que corre a través de la Sierra Giganta.
Río abajo, a unos pocos kilómetros, el misionero Juan de Ugarte estableció una “Visita” que llevó por nombre San Miguel de Comondú.
Al fallecer el Padre Mayorga la misión y todo lo que contenía se reubicó en la Misión de San Ignacio de Kada-Kaamán y desde ese momento se le conoció como “Comondú viejo”.
Para la mitad del siglo XVIII el misionero Francisco Inamma continuó con la construcción de la iglesia, la cual se convirtió en la única en la península con tres naves y por lo tanto con tres altares.
Para 1793, cuando los jesuitas fueron expulsados, los dominicos reportaron los activos de la misión informando que contaba con 25 pinturas religiosas y 6 estatuas.
