Es posible que el origen de su nombre provenga de haber sido el principal sitio del corte de maderas preciosas y especialmente del palo de tinte, cuyos troncos eran transportados a través del actual río Palizada hasta la laguna de Términos, para ser embarcados en la entonces Villa del Carmen con rumbo a Europa.
Palizada es una pintoresca ciudad en donde sus calles y casas de techos de teja francesa a cuatro aguas y sus pequeñas callejuelas le dan un toque mágico. La población esta enmarcada por un paisaje de abundante vegetación y el bello Río Palizada, de hecho esta en medio de una importante zona hidrológica formada por la confluencia de los deltas de varios ríos.
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Esta localidad ribereña se ubica al poniente del estado a 356 km (4 horas y media) de la Ciudad de Campeche, a 228 km (4 horas) de Ciudad del Carmen y a 183 km (2 horas y media) de Villahermosa.