El acceso a Isla Contoy es por vía marítima saliendo de Cancún, Puerto Juárez o Isla Mujeres. Sólo se permiten 200 visitantes al día y hay tours guiados por los biólogos residentes
El Parque Nacional Isla Contoy es el Área Natural Protegida más antigua de Quintana Roo. Cuenta con equipo de energía eólica solar, un museo una oficina de investigación con laboratorio, un centro de visitantes en el muelle, una tienda de recuerdos, un área de descanso con sillas y palapas y dos senderos interpretativos.
Desde su torre de observación de 20 m de altura, se puede disfrutar el paisaje de la isla, refugio de aproximadamente 150 especies de aves, 250 especies de peces, 98 especies de flora y es además un importante lugar de anidación de tres especies de tortugas marinas.
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La isla permite el ecoturismo y la pesca comercial regulada bajo supervisión. En la isla se puede saborear un rico pescado Tikin-Chik y realizar un viaje de observación de aves a Puerto Viejo.
De camino a la isla, las embarcaciones pueden detenerse en el arrecife Ixlache, hábitat de una rica fauna marina, para practicar snorkel y gozar del incomparable paisaje submarino.
