Una excelente alternativa para quien visita Bahía Magdalena es la observación de aves
Es una bahía de 50 kilómetros de largo protegida por las islas arenosas de Magdalena y Santa Margarita, lo que la convierte en la más grande del estado. Es en esta bahía a la que llega la ballena gris a aparearse durante el invierno. Además es un excelente lugar para pescar.
En la Isla Magdalena se puede acampar y se puede explorar sus grandes dunas. En la parte norte hay una gran colonia de lobos marinos.
El área costera esta compuesta de esteros y canales que albergan la reserva biológica más importante de bosques de mangle en la península de Baja California. Estos grandes mangles se han convertido en un santuario para miles de aves como águila pescadora, fragatas, gaviotas, ibis blanco, garza azul, garzón, patobuzo y otras migratorias como el pelícano borregón, el halcón peregrino y el roquero, por mencionar algunas.
Cuenta con un pequeño puerto pesquero llamado San Carlos, desde donde se puede contratar embarcaciones para el avistamiento más cercano con las ballenas.
