Fue fundado por Cristóbal de Oñate, el día 5 de febrero de 1542. En este municipio existen algunas cuevas con dibujos, puntas de flecha y lascas de pedernal; deducen que el terreno fue desde tiempos inmemorables hasta fines del siglo XVI zona chichimeca. La primera iglesia se comezó a construir el 4 de octubre de 1574 y se consiguió establecer en el primitivo rancho de Ahualulco.
El pueblo fue fundado a principios de 1799 en una estación de la hacienda de Bocas en las carboneras de Fuentemayor, al hacerse la rectificación del límite entre Zacatecas y San Luis Potosí, y cambiarse éstas áreas de sus territorios.
Los principios de Villa de Ahualulco se remontan a fines del siglo XVIII cuando los terrenos de La Estancia o Hacienda de Bocas correspondían a una obra pía; la cual dio toda clase de facilidades para que se instalaran los pobladores en el área donde se encuentra actualmente la Villa de Ahualulco.
En el año de 1846 los Condes del Peñasco vendieron al señor Juan de Dios Pérez Gálvez la Hacienda de Bocas, iniciándose una serie de persecuciones y atropellos en contra de los habitantes de la Villa de Ahualulco, que entonces no pertenecía al estado de San Luis Potosí, sino al de Zacatecas.