La Villa de Alaquines está circundada por altos cerros, de tal manera que se ubica en el fondo de un pequeño valle; lo que caracteriza al pueblo es que casi todas las casas del centro son de dos pisos, por lo que se distingue entre todas las cabeceras municipales del estado.
Su nombre antiguo fue el de San José de los Montes Alaquines, con el cual se le designó desde su fundación en 1616. Debido a que la tribu indígena de los Alaquines fue acasillada en este lugar, ésta fundación fue hecha siendo Virrey don Diego Fernández de Córdoba, marqués de Guadalcázar.
El pueblo fue primitivamente una simple Misión de la Custodia de Rioverde, que dejó fundada fray Juan de Cárdenas, pero ésta no prosperó, pues los indígenas se revelaron destruyendo la iglesia que en un principio fue un simple jacal.
Diez años después, llegó a este lugar fray Juan Bautista Mollinedo, que volvió a fundar legalmente la Misión y reconstruyó la iglesia, haciendo regresar a muchos de los indios que se habían ido a vivir a otros lugares.
Ya para 1749, la Misión había prosperado y propiamente ya era una colonia de indios pames bajo la custodia de los franciscanos de Rioverde y con la aprobación del conde Fuenclara.