Villa de Reyes se localiza al centro sur del estado entre las coordenadas geográficas 21º 48’ de latitud norte, y 100º 56’ de longitud oeste; a una altura promedio de 1,820 metros sobre el nivel del mar.
El municipio colinda al norte con el municipio de San Luis Potosí; al este con Santa María del Río; al noroeste con Villa de Zaragoza; al sur con el estado de Guanajuato; y al oeste con Villa de Arriaga.
Su orografía es plana con excepción del noroeste del municipio donde se levanta la sierra de San Miguelito con una elevación de 2,780 msnm. Sus suelos se formaron en la era Mesozoica, y su uso principalmente es ganadero, forestal y agrícola.4 El municipio pertenece a la región hidrológica El Salado.5 Cuenta con un sistema hidrológico muy abundante.
Sus recursos son proporcionados principalmente por el río Santa María, los arroyos: el Paso Hondo, río Altamira, el Fuerte, Tierra Nueva, Enramadas, el Grande; así como manantiales importantes, algunos mantos acuíferos y varias presas, las más importantes son: La Providencia, San Isidro, Plan de San Luis, Golondrinas, Cabras, Dolores de Jesús, San Vicente.