El espacio museístico abrió sus puertas al público potosino el 19 de septiembre del año 2003. Actualmente, es dirigido por Claudia Canales Zambrano, que ha destacado por emprender cambios en los contenidos museográficos y el convenio con otros museos mexicanos para realizar exposiciones temporales y permanentes.
El Museo del Virreinato comenzó las celebraciones por sus 16 años de haber abierto sus puertas a la comunidad potosina, a los visitantes nacionales y extranjeros. Desde entonces, ha logrado la atención a más de 100 mil personas y la realización de más de cien exposiciones temporales. Los cambios más recientes han sido el cambio del contenido museístico de las salas permanentes y la reordenación de la colección, la extensión de las salas de exposición temporal, la adquisición de nuevas obras para la colección permanente y el aumento en el número de actividades mensuales, entre las que destacan conferencias, talleres, cursos y recorridos guiados, con la participación de nuevas generaciones de especialistas en historia, restauración, arqueología, gastronomía y arte.
Durante el mes de septiembre, las actividades que destacan son la presentación editorial del investigador Tomás Calvillo Unna, miembro del Colegio de San Luis, el 19 de septiembre a las 19:00 horas con acceso gratuito, un recorrido guiado nocturno el jueves 26 de septiembre a las 20:00 horas con costo de boleto de ingreso, un concierto de música potosina del siglo XIX que realizará la Camerata de San Luis, el 20 de septiembre a las 20:00 horas con acceso gratuito, y un taller de transferencia de imágenes religiosas que se realizará el 21 de septiembre a las 12:00 horas con cuota de recuperación de 50 pesos.