Aunque es poco común, el VPH puede causar cáncer de pene, en el ano o de cavidad orofaríngea (parte posterior de la garganta, incluidas la base de la lengua y amígdalas). Si se presenta en el pene, por ejemplo, los signos iniciales son engrosamiento o cambios en el color de la piel, además de crecimiento de tejido en el órgano. Cuando el virus provoca cáncer de ano, algunos pacientes no presentan signos ni síntomas, aunque otros pueden sufrir sangrado, dolor, picazón o flujo en el ano, inflamación de los ganglios linfáticos en el área o, incluso, en la ingle, así como cambios en los hábitos de ir al baño o en la forma de las heces. El cáncer por VPH en la cavidad orofaríngea suele provocar dolor de garganta o de oído persistente, tos constante, dolor o problemas para tragar o respirar, pérdida de peso, ronquera o cambios en la voz que duren más de 2 semanas, además de presencia de bultos o masas en el cuello. Para el tratamiento de cáncer de pene, ano o de cavidad orofaríngea generalmente se recurre a cirugía, radioterapia y quimioterapia; a menudo se combinan dos o más de estas alternativas, dependiendo de las características del paciente y del avance que reporta la enfermedad. No existen exámenes para detectar evidencia temprana de cáncer relacionado con VPH en hombres. No obstante, como el cáncer de ano es más común en individuos homosexuales, e.t.c.
