El origen de la actual parroquia de San Sebastián se remonta a tiempos de la conquista cristiana, cuando preparando el cerco de la ciudad musulmana, el rey Fernando III.
«El Santo», ordena la construcción de una ermita en el lugar que hoy ocupa la iglesia. Este templo se levanta con la finalidad de servir al culto de la imagen de la Virgen.
Que sería poco tiempo más tarde patrona de la ciudad conquistada, la Virgen de los Reyes.
La originaria ermita fue transformada, después del Repartimiento, por un grupo de genoveses afincados en el lugar que desarrollaban actividades relacionadas con la transformación y el comercio de la lana.
Este lugar, conocido como “Prado de las Albercas”, por la abundancia de agua con que contaba y utilizaba en el lavado de la lana.
Vería surgir así el nuevo templo que, por vez primera, se consagraría al santo patrón de quienes lo levantaban, los genoveses. San Sebastián.
El inmueble que conservamos en la actualidad pertenece al siglo XV.