Con sólo la preparatoria como trayectoria académica, Manuel Limón Hernández encabezará de forma interina el Sindicato de Trabajadores Petroleros de la República Mexicana (STPRM).
Originario de Agua Dulce, Veracruz, comenzó su trayectoria en el gremio petrolero en la Sección 10 de Minatitlán de ese estado, la cual llegó a dirigir.
Al ocupar cargos dentro del gremio como secretario del Consejo General de Vigilancia del Comité Ejecutivo General y secretario Tesorero, se fue acercando a Carlos Romero Deschamps.
En 2000, con la llegada a la presidencia de Vicente Fox, Limón Hernández se desempeñaba en ese momento como presidente del Consejo de Vigilancia del Sindicato y se amparó contra una orden de aprehensión por su presunta participación en el llamado Pemexgate, que consistió en el desvío de mil 500 millones de pesos del STPRM a la campaña presidencial de Francisco Labastida.
Manuel Limón ocupaba el cargo de secretario de Actas y Acuerdos de la organización sindical, además de ser diputado federal plurinominal del Revolucionario Institucional.
Sus compañeros en el órgano legislativo lo describen como de “bajo perfil”, ha firmado como adherente en 60 iniciativas de su grupo parlamentario y su asistencia al Palacio Legislativo de San Lázaro oscila entre dos y tres veces por semana, con lo que registra 45 faltas entre el primer periodo, tanto ordinario como extraordinario, de sesiones, así como en lo que va de este segundo.
Entre las corrientes disidentes es considerado uno de los principales responsables de la corrupción en el sindicato, además de que al ocupar un cargo como legislador lo acusan de tener doble sueldo.
Sus ingresos como diputado ascienden a 149 mil pesos, mientras que en Pemex percibe 37 mil 176 pesos mensuales. Pese a este reclamo de los disidentes, Limón no sería el único en tener doble sueldo, puesto que Romero Deschamps fue senador mientras ostentaba la dirigencia del STPRM.