Protagonistas desde su origen hasta la mitad de la década de los años sesenta y después considerados en muchas ocasiones como campeones sin corona, los Chargers arribaron como franquicia profesional cuando nació la AFL en 1960.
Siendo uno de los equipos fundadores de la Liga que le compitió a la NFL, los Chargers tuvieron en el Coliseo de Los Ángeles a su primera casa, además de ser uno de los equipos con mayor capital, pues el primer dueño de la franquicia fue Barron Hilton, heredero de la cadena de hoteles Hilton.
Ello derivó en un éxito inmediato para el equipo, que estuvo presente en cinco de los primeros seis Juegos de Campeonato de la AFL, ganando uno de ellos ya jugando en San Diego, ciudad a la que se mudaron en 1961 gracias a las ambiciones de Hilton de construir un estadio en dicha ciudad del Sur de California.
Sin embargo, el primer dueño de la franquicia se aburrió pronto de la misma y decidió vender en 1966, a lo que siguieron años futiles para el equipo, que pasó bastantes años sin despuntar, hasta que resurgieron a inicios de la década de los ochenta, estando cerca del éxito hacia mediados de los noventa y en la primera década del Siglo XXI, gracias a la formación de equipos espectaculares, pero que no pudieron dar el paso importante en el momento indicado.
